PhD program Ekonomie a ekonometrie
CERGE-EI nabízí jak český, tak anglický PhD program Ekonomie a Ekonometrie západního stylu. V úvodních dvou letech studenti absolvují vybrané kurzy na úrovni Master of Arts, po kterých následuje přibližně dvou- až čtyřleté období, v němž se studenti věnují vlastnímu disertačnímu výzkumu. Velmi často absolvují studenti část svého studia na předních univerzitách západní Evropy a Severní Ameriky. Struktura programu byla vytvořena podle vzoru nejlepších doktorských programů ve Spojených státech a Evropě; vyučovacím jazykem je angličtina.
Program je určen studentům, kteří se chtějí věnovat práci v předních akademických institucích, mezinárodních organizacích, či poradních orgánech státní správy. Je akreditován v České republice a oba programy, Master of Arts i Ph.D., disponují Absolute Charter Spojených států. Absolventi doktorského studijního programu tak získávají dva diplomy – jeden vydaný na základě Absolute Charter ve Spojených státech a druhý diplom pak jako absolventi Univerzity Karlovy v Praze.
Studenti jsou během studia finančně podporováni formou minimálního školného (platí pro anglický studijní program, český program není zpoplatněn), vyplácením stipendií, nabídkou studijně-pracovních příležitostí nebo možností zapojení se do výzkumných grantů. Studenti vyšších ročníků zároveň působí jako výzkumní asistenti a podílí se na výuce CERGE-EI.