Správní orgány
CERGE-EI má dva hlavní řídící orgány. Výkonný a dozorčí výbor (Executive and Supervisory Committee), složený z renomovaných ekonomů včetně mezinárodních expertů, pedagogického sboru CERGE-EI a zástupců Univerzity Karlovy a Akademie věd ČR, který zajišťuje především dodržování nejvyšších akademických standardů. Správní rada (Board of Trustees) uděluje PhD a MAtituly v oboru ekonomie na základě tzv. Absolute Charter od Rady regentů státu New York a na základě doporučení Výkonného a dozorčího výboru uděluje definitivu členům pedagogického sboru.
CERGE, Univerzita Karlova a Národohospodářský ústav Akademie věd ČR (NHÚ) mají vlastní správní orgány. Vědecká rada CERGE (Scientific Council) především posuzuje a radí v oblasti výzkumné a vzdělávací činnosti instituce, zatímco Akademická rada CERGE (Graduation Council) upravuje studijní programy CERGE a jejich organizaci. Správní orgány Ekonomického ústavu tvoří Dozorčí rada, která má dozorčí a poradní funkci, Rada ekonomického ústavu AV ČR, v. v. i., která je základním vědeckým a odborným orgánem EKÚ, a Akademický sněm.