Na zasedání Vědecké rady Univerzity Karlovy, konané dne 27. března 2014 v Malé Aule Karolina, doc. Ing. Štěpán Jurajda, Ph.D. obdržel od rektora UK pamětní medaili za mimořádné zásluhy o rozvoj CERGE UK.

Štěpán Jurajda byl také jmenován členem Vědecké rady Univerzity Karlovy, a stal se tak prvním reprezentantem CERGE UK na této pozici. Od roku 1997 je členem akademického sboru CERGE UK a v letech 2009-2013 působil v instituci na postu ředitele.